O Mestrado em Ecologia Marinha corresponde a 120 ECTS e tem a duração de dois anos letivos.

O primeiro ano (60 ECTS) corresponde à frequência de cinco disciplinas nucleares de 6 ECTS, que todos os alunos deverão frequentar, e opcionais, num total de 24 ECTS. É ainda obrigatória a frequência de Projeto de Investigação em Ecologia Marinha e de Seminários em Ecologia Marinha (ambas com 3 ECTS).

No primeiro semestre, todas as unidades curriculares decorrerão ao longo das 14 semanas do período de aulas previsto. No segundo, com exceção das unidades obrigatórias, a lecionação será feita em módulos sequenciais, onde uma carga de 6 ECTS corresponde a uma duração de 3 semanas e 3 ECTS a 1,5 semanas. Esta organização modular permite que os alunos se dediquem de forma exclusiva e intensiva a cada disciplina e um treino teórico-prático contínuo, acolhendo trabalhos laboratoriais e de campo, capazes de garantir a aprendizagem prática e no terreno. Pode consultar o cronograma do segundo semestre de 2015/16 como exemplo da organização modular.

No segundo semestre do primeiro ano, no âmbito de Projeto de Investigação em Ecologia Marinha, os alunos são levados a elaborar, trabalhar e apresentar o seu plano de dissertação de Mestrado.

Durante o segundo ano do curso, os alunos dedicam todo o seu tempo à Dissertação (60 ECTS), que corresponde ao desenvolvimento de um projeto de investigação supervisionado e que deve ser apresentado dentro da época normal de avaliação. Este projeto pode ser desenvolvido dentro ou fora da ULisboa. No final deste segundo ano letivo, os alunos escrevem a sua Dissertação de Mestrado, cuja defesa, numa sessão pública, conduz à obtenção do grau.